O FSA é gerido por um Comitê Gestor que deve, entre suas atribuições, estabelecer as diretrizes de ação e áreas prioritárias para a aplicação dos recursos (plano anual de investimentos), definir normas e critérios para a análise e seleção de projetos, acompanhar a implementação das ações e avaliar anualmente os resultados alcançados.

A ANCINE exerce as atribuições de Secretaria-Executiva do FSA, sendo responsável pela execução orçamentária e financeira das ações do FSA, bem como pelo apoio técnico e administrativo ao Comitê Gestor.

Para operacionalização de suas ações, o FSA tem como agente financeiro instituições financeiras credenciadas pelo Comitê Gestor.

O Comitê Gestor é ainda auxiliado por Comitês de Investimentos em linhas de ação específicas.