Em dezembro de 2011, o Comitê Gestor autorizou pela Resolução nº 23, o credenciamento do BNDES como agente central do FSA. De acordo com o contrato firmado, O BNDES passou a ser o responsável pela administração dos recursos disponibilizados anualmente pelo FSA e pela contratação e repasse a bancos de desenvolvimento, agências de fomento e/ou bancos públicos, para a operação das linhas de ação e editais do FSA, definidos pelo seu Comitê Gestor.

O BNDES coordenará e acompanhará os serviços financeiros das instituições públicas contratadas. A ANCINE atuará como interveniente nos contratos, definindo os parâmetros da operação e acompanhará a execução operacional das linhas de ação do FSA junto com o agente financeiro específico.